Dai Borboni ai Savoia, fino alla Repubblica
Il Sette e l’Ottocento furono piuttosto dei corollari della grande stagione barocca. Furono restaurati elementi particolari, rafforzati i tetti, ma non furono realizzate opere di rilievo tali da poter parlare di una svolta o di un capitolo nuovo. Sul piano storico però l’Ottocento segna una fase veramente nuova. Con il 1806 le leggi eversive pongono fine alla feudalità su Rutigliano e Sannicandro, con il conseguente ridimensionamento delle opere di carità (come ad esempio il vitto gratis per tre giorni per i pellegrini che giungevano da lontano). Con il 1861 la Basilica passa sotto la giurisdizione del re d’Italia, venendo così a crearsi una situazione di tensione con la Santa Sede, che cercava di recuperare il suo ruolo. Il momento più acuto si ebbe nel 1890 allorché il re Umberto I intervenne direttamente ad impedire delle modifiche da parte del papa tendenti a dare importanza all’arcivescovo di Bari. E mentre lo stato metteva in vendita i beni della Basilica, anche la gestione interna fu affidata ad una Commissione laica.
Il XX secolo si apriva dunque all’insegna della laicità. Un capitolo che si concluderà nel 1929 con il Concordato fra stato e Chiesa destinato a cambiare completamente l’assetto della Basilica. Lo stato incamerava e gestiva per il tramite di apposite Commissioni completamente i beni della Basilica, restituendo in cambio al pontefice la giurisdizione sul clero di essa. Se sul piano ecclesiastico si poteva parlare di una normalizzazione, su quello socio economico fu un disastro, in quanto lo stato si dimostrava sempre più reticente a versare stipendi al clero. La condizione di disagio economico ridusse drasticamente i candidati al servizio liturgico in chiesa, tanto che il papa Pio XII nel 1951 decise di risolvere il problema affidandola ad un ordine religioso.
Furono interpellati in un primo momento i Benedettini, ma la risposta fu negativa, non volendo subire situazioni di tensioni o di dipendenza dalla curia arcivescovile. Dopo altri contatti la Basilica nel 1951 fu affidata finalmente ai Padri Domenicani che l’hanno curata e fatta rivivere fino ad oggi, imprimendo un ritmo notevole per quanto riguarda la cultura e l’ecumenismo. Nel 1968 fu fondato l’Istituto di teologia ecumenica greco-bizantina, e nel 1980 il Centro Studi Nicolaiani.